Смерть авторитета Самойлова, казалось бы, прекратила бандитские разборки, и теперь майор Попов вернулся к розыску преступников, пытаясь совместить опасную работу и воспитание своей дочери-подростка. Но временное затишье грозит бурей. Преступные группировки больше не могут мирно уживаться на одной территории: Кок, бывшая «правая рука» Самохина, и Ринат, главный враг покойного авторитета, решают окончательно разобраться в том, кто будет контролировать территорию. Противостоять сразу двум бандам — непростая задача даже для майора Попова. К тому же, в деле оказывается замешано его руководство. Ожесточенная криминальная борьба ставит под удар даже дочь майора.

В это же время молодой оперативник Жуков находит след уголовника по кличке Яша, который в свое время пристрастил брата Жукова к наркотикам. Теперь Яша — глава банды неуловимых наркоторговцев, которую прикрывает кто-то из полиции. Попов вместе со своими операми пытается остановить группировку, но противник оказывается всегда на шаг впереди.

Каждая из серий «Розыск-3», кроме основной сюжетной линии, рассказывает об отдельных преступлениях и их расследовании: разбойные нападения и мелкие мошенничества, жестокие убийства и нелепые случаи — все, с чем сталкивается полиция каждый день. Все это происходит на фоне событий, которыми наполнена бурная личная жизнь Попова и его оперов.